绿童贝贝南瓜种子上可能带有枯萎病、炭疽病、疫病、等多种病原菌，因此一般多采用温汤浸种和其他种子表面消毒的方法处理种子。

　　1、温汤浸种法：将干南瓜种子浸入55~60℃温水中约10分钟，期间不断搅拌，待水温降到25~30℃左右时，再浸泡6~8小时，淘洗干净后进行催芽。

　　2、药剂消毒法：常用0.1%的多菌灵浸种1小时，用清水冲洗后再用清水浸种12~14小时；或用0.1%~0.2%高锰酸钾溶液浸种30分钟；或用1%硫酸铜浸种5分钟；或用40%福尔马林150倍液浸种90分钟；

　　或用500倍50%可湿性多菌灵粉剂浸泡南瓜种子1小时，取出冲净，可防治炭疽病；

　　或用10%的磷酸三钠溶液浸泡南瓜种子20分钟，捞出后洗净，对南瓜花叶病毒防治效果较好；

　　或用500倍10%抗菌剂401溶液浸种30分钟，可杀死携带的枯萎病、炭疽病等；

　　或用2%~4%的漂白粉溶液浸泡南瓜种子30分钟，取出用净水洗净，可杀死种子表面细菌；

　　或用90%敌百虫粉拌种，直播可防蚁类及地下害虫咬种（亦可用煤油少量拌种，可兼防田鼠咬种）。药剂消毒一般要求在浸种前进行，药剂浸种后应及时用清水冲洗，以免发生药害，浸泡所用药液温度为25~30℃，药剂浓度不能过高或过低。

　　3、高温烫种：在两个容器中分别加入等量的冷水和开水，水量为绿童贝贝南瓜种子量的3倍。先将选好的种子倒入开水中，搅拌3~5秒，然后将另一容器中的冷水倒入，搅拌到30℃左右，在室温下浸种3~4小时，可杀死种子表面的病原菌。

　　4、强光晒种：春季选择晴好天，将绿童贝贝南瓜种子摊在草席或纸等物体上，厚度不大于1厘米，在阳光下暴晒，每隔2小时翻动，使其受光均匀。晒种除可杀菌外，还可促进南瓜种子后熟，增强活力，提高发芽势和发芽率。但晒种时，种子不要直接放在水泥板、铁板或石头等物上，以免影响种子的发芽率。