南瓜种子可能携带多种病原菌，如枯萎病、炭疽病、疫霉菌等。因此，种子处理通常采用温汤浸泡等种子表面消毒方法。

　　1.温汤浸泡法：将干种子浸泡在55~60℃之间℃ 温水约10分钟，并在过程中保持搅拌。当水温降到25~30℃左右时℃, 浸泡6～8小时，洗净，促进发芽。

　　2.化学消毒方法：种子用0.1%多菌灵浸泡1小时，用水冲洗，再用水浸泡12～14小时；种子在0.1%～0.2%高锰酸钾溶液中浸泡30min；种子用1%硫酸铜浸泡5min；种子用40%福尔马林浸泡150次，浸泡90min；

　　或用500倍50%可湿性多菌灵粉浸泡南瓜子1小时，取出冲洗，可防治炭疽病；

　　或南瓜籽用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟，捞出后洗净；

　　或用500倍10%抗菌401溶液浸种30分钟，可杀灭枯萎病和炭疽病；

　　或用2%～4%的漂白粉溶液浸泡南瓜子30分钟，取出用清水洗净，以杀灭种子表面的细菌；

　　或者用90%敌百虫粉拌种，直接播种，可以防止蚂蚁和地下害虫叮咬种子（或者用少量煤油也可以防止田鼠叮咬种子）。浸种前一般需要进行化学消毒。浸种后，应及时用清水冲洗，避免药物伤害。浸泡液温度为25～30℃℃, 化学药品的浓度不宜过高或过低。

　　3.高温烫伤：在两个容器中分别加入等量的冷水和沸水，水量为南瓜种子量的3倍。先将选定的种子倒入沸水中，速度搅拌3~5秒，然后及时将冷水倒入另一个容器中，搅拌至30分钟左右℃, 将种子在室温下浸泡3～4小时，可杀灭种子表面的病原菌。

　　4.强光干燥：春季，选择晴天，将种子铺在草席或纸等物体上，厚度不大于1cm，置于阳光下，每2小时转动一次，使其受光均匀。种子干燥除杀菌外，还能利于种子成熟，增强种子活力，增加发芽率。但在干燥时，不要将南瓜种子直接放在水泥板、铁板或石头上，以免影响种子的发芽率。